四种投资成本（股权原值）的确定方法：一是缴足注册资本的原始自然人股东转让股权的投资成本的确定方法；二是注册资本从实缴制改为认缴制后，未缴足注册资本的原始自然人股东转让股权的投资成本的确定方法；三是直系亲属三代之间通过无偿让渡方式取得股权的股权原值的确定方法；四是通过股权转让方式的股权受让人转让股权的投资成本的确定方法。

（一）缴足注册资本的原始自然人股东转让股权的投资成本（股权原值）的确定方法

在工商注册公司时，只要缴足注册资本的原始股东发生转让其一定比例或全部股权比例的情况下，原始自然人股东转让股权的投资成本方法如下：

第一，如果原始自然人股东转让股权前的投资成本是实际缴足的注册资本情况下，则该原始自然人股东发生股权转让时，计算其股权转让所得的投资成本（股权原值）是该自然人股东按照《公司章程》认缴并实际缴足的注册资本作为投资成本。具体确定方法如下：

根据《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第十五条、十六条的规定，转让股权时，股权原值按照以下方法确定。

1、以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；

2、以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；

例如：2018年10月，王女士以现金100万元创办一家企业，2020年2月，王女士以150万元的价格低于成本价将100%股权转让给李先生，截止转让前，被转让企业的所有者权益为150万元，其中注册资本为100万元，未分配利润和盈余公积为50万元。本案例种的王女士在转让其自然人股权时，计算其股权转让所得时的投资成本或股权原值是100万元。因此，该项股权转让的财产转让所得为：150万-100万=50万。王女士应缴纳个人所得税50万×20%=10万元。

第二，如果原始自然人股东转让股权前的投资成本是实际缴足的注册资本加上被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增资本或股本的情况下，则该原始自然人股东发生股权转让时，计算其股权转让所得的投资成本（股权原值）是该自然人股东按照《公司章程》认缴并实际缴足的注册资本加上原始自然人股东将转增股本且依法缴纳个人所得税的资本公积、盈余公积、未分配利润作为投资成本。具体确定方法如下：

根据《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第十五条第四项的规定，转让股权时，股权原值按照以下方法确定：被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值。